为获得单一的、纯度高的灵芝菌种，就需要通过生物学手段，将灵芝从混杂的微生物群中分离出来。

灵芝菌种孢子分离法

从灵芝子实体中收集成熟的有性担孢子，并将其培养萌发成纯菌丝的方法。由孢子分离得到的菌丝具有菌龄短、生活力强，同时有性孢子具有双亲的遗传特性，是选育新菌株和杂交育种的材料。

1.孢子的采集：以赤芝为例，选取个体典型、菌盖呈红褐色、有光泽、发育成熟、无白色生长圈，瓶（袋）上见有少量散落孢子粉，大小适中，无病虫害的子实体，切去菌柄，用棉球蘸取0.1%升汞溶液，反复擦拭菌盖正反面，菌孔一面宜轻，然后用无菌水充分冲洗，并以无菌纱布吸干水分。孢子采集方法有以下几种。

（1）弹射法：在无菌条件下，用灼烧后的粗注射针将切去灵芝菌柄处钻1个深达菌肉的小孔，插在培养皿的铁丝架上，培养皿放在铺有纱布的搪瓷盆内，外罩上钟罩或无底蘑菇瓶，置28~30℃相对湿度90%的条件下培养。当有大量褐色孢子落入培养皿后，除去钟罩及支架，将培养皿盖好，并用透明胶带封贴或无菌纸包扎备用。所用器材均需事先用纸包扎灭菌并进行无菌操作。

（2）贴附法：锥形瓶（即三角烧瓶）内分装入1厘米厚的PDA培养基，加棉塞灭菌，冷却成平板。无菌条件下将去柄的子实体如上述作表面消毒处理，放在无菌纸上，沿菌管方向切若干个小块，然后拔出锥形瓶塞，将子实体小块的皮壳部蘸上胶水粘贴在棉花塞底部，塞回锥形瓶口上。置28~30℃下培养，见有棕色孢子下落在培养基表面，即可在无菌条件下除去棉塞上的菌块。

贴附法也可粘贴在试管斜面正上方的管壁上。若菌盖厚可削去部分皮壳和菌肉，见斜面上散落有孢子时，除去菌块。

2.菌丝培养：在无菌条件下，把弹射法收集到的孢子，用接种环蘸取少许抖落在斜面上，或将孢子少许放入试管内无菌水中（采用20%灵芝子实体煮汁更理想）制成孢子悬液，然后蘸涂在斜面或平板上，置28~30℃下培养。贴附法在平板或斜面上接收的孢子，可直接适温下培养，约1周，待孢子萌发后，挑取萌发早、长势旺的菌落，移接至新斜面上，经培养即为母种。

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