灵芝细胞形如丝线状，故而被称做菌丝。生长在朽木或人工培养基中的菌丝体与生长在朽木或培养基等基质上的子实体，都是由真菌细胞——菌丝组成的。组成灵芝菌丝体的菌丝依其形态和来源可以分为三级，即初级菌丝、次级菌丝、三级菌丝。那么让我们看看小小的孢子是怎样发育为灵芝的。

灵芝担孢子萌发时产生的一个或多个芽管，是由初级菌丝（或称为初生菌丝、一次菌丝）直接形成的；其主要特征是每一个细胞在萌发初期是多核的，后来只含有一个细胞核，菌丝较细，直径仅为1~1.5微米，整团菌丝中没有锁状联合。初级菌丝的生长是以孢子内贮存的营养提供能量的，故其寿命很短。

然后，它由两条遗传性状不同的异质初级菌丝相互融合，其中一条菌丝中的一个细胞核移到另一个菌丝的一个细胞中，结果形成一个有两个细胞核的双核菌丝，也叫次级菌丝或次生菌丝、二次菌丝。次级菌丝对基质的侵染能力较强，并能在基质中形成菌丝体。由次级菌丝形成的菌丝体中可以看到锁状联合，只要基质中营养够其利用，次级菌丝形成的菌丝体的寿命可达到几年、几十年或几百年。

最后，次级菌丝形成的菌丝体生长到一定阶段达到生理上成熟后，有些菌丝就会在基质的表面上纽结形成原基，由原基再发育成子实体，三级菌丝或称做三生菌丝、三次菌丝，这些构成子实体的菌丝就是三级菌丝。三级菌丝也是双核菌丝，在形态上与次级菌丝有些相似，但生理功能上已有明显的区别了。这样灵芝就由孢子发育成为灵芝了。

灵芝的最基本结构与其他生物体一样，也是细胞，是由真菌组成的。菌丝在光学显微镜下是一条细长的丝线状物，它与外界环境之间以细胞壁为分界线，在细胞壁内含有细胞质、细胞核、液泡、线粒体及质膜等结构。

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