在栽培灵芝的过程中，会发生杂菌和害虫的为害，影响灵芝的产量和质量，严重时会导致栽培的失败。因此，在生产过程中，要尽量把杂菌和害虫的为害降低到最低程度，采用科学的栽培与管理技术，尽量不用药物防治。应贯彻“预防为主，综合防治”的方针，搞好栽培场所的清洁卫生，采用无霉变、腐烂的原料，培养基灭菌要彻底，严格按无菌操作的要求进行接菌。同时创造有利于灵芝生长发育而不利于病虫害扩大繁殖的生态条件，把病虫害的为害降到最低限度。对于发生了病虫害，则选择高效、低毒、低残留、分解快的农药，对霉菌等病害采取石灰喷撒或通风、排水、铲刮、深埋等措施；对菌蝇等害虫采取人工捕捉等办法。