棉花黄萎病在整个生育期均可发病。自然条件下苗期很少出现症状。一般在4―6片真叶期开始显症，生长中后期棉花现蕾后大量发病，初在植株下部叶片上的叶缘和叶脉间出现浅黄色斑块，后逐渐扩展，叶色失绿变浅，主脉及其四周仍保持绿色，病叶出现掌状斑驳，叶缘向下卷曲，叶片由下而上逐渐脱落，仅剩顶部少数小叶，蕾铃稀少，棉铃提前开裂，后期病株基部生出细小枝。纵剖病茎，木质部上产生浅褐色变色条纹。夏季暴雨后出现急性型萎蔫症状，棉株突然萎垂，叶片大量脱落。由于病菌致病力强弱不同，症状表现亦不同。划分为落叶型、枯斑型和黄斑型等。落叶型病株叶片叶脉间或叶缘处突然出现褪绿萎蔫状，病叶由浅黄色迅速变为黄褐色，病株主茎顶梢、侧枝顶端变褐枯死，病铃、苞叶变褐干枯，蕾、花、铃大量脱落。枯斑型的叶片症状为局部枯斑或掌状枯斑，枯死后脱落。黄斑型叶片出现黄色斑块，后扩展为掌状黄条斑，叶片不脱落。在久旱高温之后，遇暴雨或大水漫灌，叶部尚未出现症状，植株就突然萎蔫，叶片迅速脱落，棉株成为光秆，剖开病茎可见维管束变成淡褐色，这是黄萎病的急性型症状。该病不矮缩，能结少量棉铃。