嫁接繁殖中砧木的选择是十分重要的。砧木要选择与接穗亲缘近、有较强亲和力的种类，如果砧木与接穗间的亲缘关系较远或亲和力较差，嫁接后即便成活，以后在接口处也易发生不亲和的断裂。所以正确地选择砧木，不但容易使砧木与接穗接口愈合，而且可提高嫁接苗的适应能力，延长其寿命和提早开花等。砧木一定要选择抗性强、生长健壮、适应本地环境的种类。一些主要花卉嫁接时所用砧木可见表2。

砧本苗的培育通常用播种的方法，这不仅是实生苗对外界不良环境条件的抵抗力强，寿命长，而且由于它们的年龄小，不可能改变优良品种接穗的固有性状。用作砧木的实生苗的主枝直径应比接穗粗些，并充分木质化，因此大多需要在苗圃中培育2年以上。实生苗播种后需经过移栽或上盆培养，移栽的时间在播种当年的秋后或来年早春，这目的一方面是为了切断砧木的主根，促进其刨根或须根的发育，以增加根系的吸收面积，另一方面是为了加大株行距，以便日后嫁接时人工操作和将来带上球起苗。砧木苗也要修剪，除去过密的侧枝，以便于进行嫁接操作。